Sulla porta di ingresso principale alla chiesa si può ammirare lo stemma chiesastico ivi dipinto. In rappresentazione ci sono: tre monti sovrastati da due chiavi incrociate con nastro pendente nei due lati e da una tiara papale.
I tre monti riproducono gli stessi dello stemma della nostra Università, mentre le chiavi sono quelle apostoliche, insegne della Chiesa e simbolo della sua autorità spirituale. La tiara papale indica il privilegio della Chiesa di essere «nullius», cioè, al tempo, non inserita in alcuna diocesi e quindi non soggetta al Vescovo di Conversano, come il baliaggio stesso di Santo Stefano dell'ordine di Malta, di cui Putignano era feudo ecclesiastico. La Chiesa, quindi, dipendeva direttamente dal Papa, che sì faceva rappresentare dai Balì a cui era demandata la giurisdizione ecclesiastica. La condizione di «nullius» fu annullata definitivamente nel 1811, quando, al termine della secolare lotta tra i Vescovi dì Conversano e i Balì di S. Stefano per la giurisdizione spirituale su Putignano, la nostra Chiesa rientrò nella Diocesi di Conversano, perdendo tutti i diversi privilegi accumulati nel tempo, compreso il titolo di Collegiata.
Lo stemma fu dipinto la prima volta sulla porta d'accesso nel 1727 e lo ritroviamo riprodotto, a rilievo, sulla cimasa dell'altare ligneo della Cappella di S. Pietro e sul clipeo centrale inserito nella spalliera delle mensole lignee, che affiancano l'altare maggiore.
Il simbolo delle chiavi incrociate lo ammiriamo ancora, sempre a rilievo, sulla base delle colonne dell'altare di S. Anna e sul fusto delle colonne del predetto altare di S. Pietro.