Il Presbiterio fu ultimato strutturalmente intorno al 1666 «communi aere», con fondi di pubblico danaro, cioè, al tempo del sindaco Trailo «Patriae Sindicus atque Pater», come si legge sulla lapide con stemma dell'Università, posta in alto, lungo la scalinata destra che porta al Cappellone o Oratorio.
È un corpo architettonico dalla forma quasi cubica che si innesta alla unitaria navata intesa in tutta la sua larghezza, per aprirsi, a sua volta, mediante due arcate sovrapposte, alla nuova spazialità del Coro e del Cappellone del SS. Crocifisso.
Nel fervore di rinnovamento, l'effetto barocco fu accentuato col la realizzazione sulle pareti di cornici e bassorilievi con l'applicazione di stucchi spiccatamente decorativi e luminosi.Tra cornici mistilinee, che incastonano tempere raffiguranti S. Pietro e S. Paolo e i quattro Dottori della Chiesa sulle pareti laterali, si intrecciano ricami e pittoresche figure angeliche, cavalcanti un leone, che fanno guardia all'arco stesso; e ancora nel vortice decorativo dell'aperto cartiglio dai mossi risvolti legandosi all'archivolto, conclude, in alto, la facciata di fondo del Presbiterio. Questo, primo vero palcoscenico avanzato, è racchiuso da un'artistica balaustra di marmi pregiati policromi ad intarsio dalla raffinata sagomatura della cornice profilata ad onda con relativo cancelletto in ferro battuto, aggraziato da un gioco di volute, che si snodano e si riallacciano elegantemente, e da due massive balaustre disposte in linea dinamicamente ascensionale, che, in ambo i lati, delimitando le due scalinate, offrono un comodo affaccio in occasione delle sacre funzioni una volta molto affollate.
L'altare maggiore è imponente con struttura di marmo policromo, arricchito con intarsi, eleganti intagli e raffinati elementi scultorei. Si impreziosisce nel vario e fantasioso accostamento di tarsie di color azzurro venato di bianco, rosso e giallo antico. A rendere ancora più importante l'opera ci sono gli elementi scultorei, costituiti da teste di cherubini alati, nonché dalla vivace raffigurazione di una candida colomba sul prospetto del tabernacolo.
Ben evidente il paliotto sormontato da un drappo arrotolato reso finemente, con aggraziati angeli a tutto rilievo, rivolti verso l'interno nell'atto di sorreggere il medaglione centrale preziosamente incorniciato con croce inscritta.
L'opera risale al 1751 ed è, come riportato dal Casulli, dell'eccellente maestro marmoraro napoletano Giovanni Cimafonte, autore con buona probabilità della balaustra marmorea, contrappunto prospettico dell'altare stesso.
L'altare, dedicato a San Giovanni Battista, fu consacrato nel 1773 con l'intervento del vescovo di Conversano, Mons. Fabio Palumbo. Nel 1968, grazie alla volontà dell'Arciprete Don Pierino Giotta, l'altare si arricchì di un artistico ciborio di argento, frutto della bottega dell'orafo napoletano Catella. È una bell'opera finemente sbalzata nei contorni aderenti alla linea della sagomatura marmorea, adorna di tralci con grappoli e spighe di grano e di un pellicano, sulla porticina, rappresentato nell'intento di cibare del suo cuore i piccoli affamati, simbolicamente raffigurante la SS. Eucaristia
Sui terminali dell'altare poggiano due statue alte m.1,30, raffiguranti S. Giovanni Battista e S. Stefano protomartire, protettore l'uno e patrono l'altro di Putignano, Le due statue, fatte scolpire a gara, la prima"·dal Balì Francone, la seconda dall'Università, sono di fattura molto bella e artisticamente valide e sintetizzano pregevolmente i canoni stilistici della scuola napoletana del '700.
Nella parte posteriore dell'altare si apre la prima arcata che immette nel Coro, intramezzata da un divisorio ligneo, laccato e dipinto con eleganti elementi naturalistici, e da una vetrata a mosaico con la raffigurazione della «Vergine Addolorata», del «Battesimo di Gesù», e della «Consegna delle chiavi a S. Pietro». Il disegno è opera del concittadino Francesco Dalena (1930) e ricalca, per le raffigurazioni laterali, celebrati modelli della pittura rinascimentale (Verrocchio-Perugino).
Le scalinate che portano alla zona sacra del Presbiterio si allargano snodandosi prospetticamente a semicerchio e furono costruite insieme al primo nucleo del Cappellone delI Santissimo Crocifisso nei primi anni del '600 da un gruppo di artigiani locali alla fine del XIX sec., grazie all'impegno dell'Arciprete Giovanni Mongelli