Putignano nel periodo che va dal post Carlo Magno a Federico II

Morto Carlo Magno sul territorio Putignanese ci furono moltissime scorribande Saracene (841-846) successivamente il territorio tornò di dominio Greco (967), ma i cittadini si unirono a Monopoli, Conversano e altre terre limitrofe per una ribellione, a causa della quale furono quasi distrutte. Passato il tempo della monarchia il territorio fu aspramente conteso da differenti famiglie, scesero in campo i Greci, I principi di Benevento, di Capua, di Salerno, e le Repubbliche di Amalfi, di Gaeta e di Napoli. Ma tra i tanti litiganti si insediarono i Normanni.

Roberto il Guiscardo fu investido dal Papa Nicolò II e fu il primo principe a desiderare per la città molti privilegi, svariate altre città nei dintorni andavano in frantumi per via delle lotte politiche: Gnathia (Città di confine tra la Messapia e la Peucezia) Barsento e Casaboli.

I profughi si trasferirono a Putignano, da Gnathia arrivarono le famiglie: Mirizzi, Aprizzi, Amati, Paoli, Fanis, Resta e Pinti.

Da Casaboli si trasferirono le famiglie: Belli, Cassoni, Pagliari, Pagliaruli, Arponi, Nardoni, mentre da barsento: Bianchi, Rizzi, Sabati, Stabili, Sipoli, Stasi.

Tra il 1086 e il 1088 Goffredo d'Altavilla coonte di Conversano, nipote di Roberto il Guiscardo, guarito da una pericolosa malattia, volle sciogliere il voto fatto a Santo Stefano e fece erigere in suo onore una chiesa in un luogo chiamato Torre Paolo a 2 miglia di distanza dal mare di Monopoli. Invitò i padri Benedettini Cistercensi e affinchè si proseguisse e divulgasse il culto del Santo, donò loro molte terre, tra cui il Castello di Putignano. L'atto di donazione non è mai giunto fino ai nostri tempi, ma i monaci fecero scolpire questo accordo in una lapide tutt'ora presente alle spalle dell'altare della chiesa, per memoria ai posteri. Si diede vita in questo modo ad una vera e propria lotta di supremazia per il territorio tra Papato, Vescovato e Abati, tutti parteggiati da altrettanti poteri politici distinti. I privilegi del Nobilissimo Castello furono approvati anche da Federico II che promise la costruzione dell'Università e di un'altro castello nei pressi di Porta Maggiore o Porta Grande. Nel 1219 però, fu lo stesso Imperatore a far demolire le mura e il Castello esistente, per disobbedienza dei Putignanesi che su consiglio dei Benedettini, parteggiati dal Papa, chiusero le porte, mentre lui si accingeva ad entrare nella città, dopo una partita di caccia.

Mentre la città andava distrutta, Federico II si compiaceva e scriveva

"Marsupium non sanum dic tu Putineanumfalsa tibi praedicit, cum credibilia dicit
gioia, castrum carum, praedetur Putineanum"
Sacco rotto, chiama tu Putignano, ti dice il falso quando annuncia cose credibli, Gioia, Castello a me fedele, saccheggi Putignano
L'Imperatore era adirato con i putignanesi che credevano alle dicerie di scomunica e non riconoscevano la sua autorità.
Ma il suo segretario Pier delle Vigne, invece cerca di discolpare i Putignanesi, intravedendo un segnale alternativo, egli così scrive:
"Mancipium Romanum est castrum Putineanum
diva tibi praedicit, quando anathemata dicit,
Gioia, silva canum, absit vincat Putineanum"
Tenacemente ossequiente a Roma, è il castello di Putignano,
ti annunzia cose divine quando ti da l'anatema,
Gioia, selva dei cani, lungi sia che vinca Putignano.