La chiesa di San Domenico è struttura inclusa nell'antico convento dei Domenicani presente a Putignano. Si presenta con una pianta rettangolare altrimenti detta a croce latina. L’interno, con dimensioni in lunghezza di 40 m e larghezza di 17m, si presenta con stucchi e bassorilievi meravigliosi che lo decorano e ne fanno una struttura architettonica unica nel suo genere che ammalia il visitatore.

Lungo la navata centrale si trovano tre cappelle per lato con volta a botte. La pianta a croce latina prevede il braccio verticale costituito dalla navata, mentre, il braccio orizzontale è dato dal transetto. La struttura del transetto si presenta con volte a botte ed è posta alla stessa altezza di quella della navata centrale e del presbiterio.

Nella parte sottostante, sotto il lastricato in “chianche” tipico pavimento della chiesa,  si trovano le cripte cimiteriali. In passato le cripte accoglievano le salme dei fedeli defunti ed erano accessibili da tre apposite botole presenti ancora oggi presenti nella navata centrale.

All'inizio dell'arco che segna l'inizio del transetto si legge: HIC DEUM ADORA
Lo spazio sull’arco all'inizio del transetto è finemente decorato con bassorilievi in stucco con su rappresentati due angeli e con ulteriori motivi floreali. Dal presbiterio si ha accesso alla antica sacrestia e alla torre campanaria attraverso celle intermedie. Dietro l’altare maggiore si trovano il coro ligneo ed il reliquiario.

Sopra il coro è collocato un organo settecentesco contenuto in una cassa dall’elegante frontale, realizzato in legno traforato, intagliato ed ornato, che si armonizza bene con il restante arredo ligneo presente nella chiesa. Dietro l’organo è collocato un coro di modesta fattura, un tempo adibito ad uso privato dalla comunità religiosa e dai cantori durante le celebrazioni solenni.

L’organo della chiesa di san Domenico è stato citato anche da Benedetto Croce in una sua ricostruzione della storia tra Domenico Giovinazzi ex monaco vissuto nel Convento domenicano di Putignano e lo scrittore tedesco Johann Wolfgang Goethe. Il monaco nel 1717, mentre si trovava nel convento di Putignano venne punito disciplinarmente per una non meglio precisata questione di donne che gli costò la reclusione nel carcere del convento. Fuggì dal carcere, abbandonando la Puglia e rifugiandosi a Napoli, ed una volta espulso dall’Ordine domenicano, si trasferì a Francoforte, dove diventò insegnante di italiano.

Benedetto Croce, con l'intento di ricostruire la vita del Giovinazzi, raggiunse Putignano e visitò la chiesa di San Domenico (tra l’altro, proprio di fronte alla chiesa si trova lo stabile in cui l’editore di Croce, il putignanese Giovanni Laterza, cominciò la sua attività) e così ne scrisse (scarica documento):

«La chiesa, dal portale secentesco con iscrizione attinta al Genesi: Haec Domus Dei est et Porta Coeli, ha quattro cappelle per ciascun lato, il coro intagliato di arte barocca, dove padre Domenico, guardando il gruppo della Deposizione che è di contro, salmeggiava prima di cantare a Francoforte: Solitario bosco ombroso, e un organo, sul quale egli forse si esercitò nella musica che prediligeva.».