La facciata esterna e la colonna a sinistra

La chiesa si trova all'interno del complesso che ospita gli uffici della ASL Bari e quest'ultima ha la gestione del sito ipogeo. L'ingresso monumentale e costituito da un arco ogivale di fattura gotica, che apre alla prima parte della scalinata di accesso alla grotta.

La facciata di ingresso è sormontata da un piccolo campanile a vela sul quale troneggia una campana datata 1682 e chiamata, come da orazione dedicata a San Michele riportata in bassorielievo intorno alla stessa, "Campana del Miracolo". Il campaniletto precedentemente si ergeva nella parte posteriore della struttura, successivamente quando venne realizzata la facciata di cui sopra venne spostato nella parte anteriore.

A sinistra della piccola facciata di ingresso si trova una colonna scanalata sormontata da una croce metallica. Di essa, che in maniera improbabile, ne viene attribuita la costruzione al volere dei genitori di Gregorio Magno per mano del generale Tulliano XI, duce delle armi Sipontine (fine VI sec.), non si conosce realmente la data di realizzazione.