Numerose sono le informazioni, attendibili e non, che ruotano intorno alla nascita del sito ed i culti ad esso vicini. Una prima testimonianza scritta attribuita al vescovo di Bisceglie Pompeo Sarnelli, datata 1680, conferma che il sito risulta essere stato fondato per merito di Papa Grogorio Magno a partire dall'anno 591 , con le finanze della famiglia di costui. Secondo tale ricostruzione leggendaria la grotta ebbe il ruolo di grancia della ipotetica abbazia di Barsento in territorio di Noci, ipotetica perchè ques'ultima non assunse mai tale ruolo.
Secondo alcune citazioni presenti nel volume "Effemeridi putignanesi, ovvero successi e storia della città di Putignano" di fra' Domenico Campanella (1745), ritenute abbastanza improbabili per incongruità di strumenti storici a disposizione dell'autore stesso nelle fasi di ricostruzione, pongono l'inizio del culto micaelico testimoniato dal Sarnelli a seguire del leggendario culto pagano di Apollo e soppiantato per mano del generale Tulliano.
Anche l'Avv. Giovanni Casulli nel suo manoscritto "Le Memorie" racconta la Grotta di San Michele mediando la parte antica tra la versione del Sarnelli e quella del Campanella e aggiungendo informazioni storiche in merito ai secoli avvenire, avendo avuto possibilità di accedere alle informazioni documentarie messe a disposizione dell'abbazia di Santo Stefano in Monopoli.
La prima notizia certa e documentata in merito alla chiesa di San Michele Arcangelo in Monte Laureto risale al 1098 quando il
Conte Goffredo di Conversano concede i privilegi del territorio, incluso quello in cui si trova la chiesa ipogea, al Monastero di Santo Stefano di Monopoli. Nel 1195 il territorio va sotto la protezione di Enrico VI. Dal 1317, i territori di riferimento, incluso quello dove si trova la grotta, passano nelle mani dei Giovanniti. Nel 1332 il territorio passa sotto la protezione del
Re Roberto D'Angiò che lo sottrae al controllo di Gualtieri VI duca di Brienne, di Atene e di Lecce, che nel frattempo lo aveva sottratto ai Gerosolomitani di Monopoli. A seguire, nel XVI secolo, il sito divenne appannaggio dei Carmelitani.
Diversi sono gli storici e studiosi che a seguire hanno citato e approfondito la grotta sita in Monte Laureto in Putignano; A, Vinaccia (1915), R. Marascelli (1933), G. Gabrieli (1936), A. Medea (1939), A. Venditti (1967), G. Uggeri (1979).
Giuseppe Napolitano, studioso e storico locale, pur citando le attribuzioni storiche (Tempio Apollo e Papa Gregorio Magno) ne prende le distanze e collega la grotta ai monaci basiliani alla loro emigrazione forzata da oriente a causa dell'iconoclastia e collega il nome Laureto come derivante dalla
"laura basiliana".
Si continua con gli storici che hanno riportato nei loro studi la chiesa ipogea, Silvia Bettocchi, Armando Petruci, Giorgio Otranto, Ada Campione, Clara Gelao, Aldo Messina e Franco dell'Aquila, L.M. De Palma, D. Lorusso e V. Manghisi per chiudere con la volontaria putignanese Elisabetta Nardelli, fino ad arrivare alla stesura ultima pubblicazione interamente dedicata alla grotta datata 2018 intitolata "San Michele in Monte Laureto a Putignano. La grotta dell'angelo e la cultura pittorica Angioina nel meridione barese" di Marcello Mignozzi.