Il monastero di S. Maria del Carmine fu istituito per dotare Putignano di una struttura per accogliere le fanciulle che chiedevano di dedicare la propria vita a Dio prendendo i voti. L'università di Putignano, con l'allora sindaco Antonio Fanelli e con l'appoggio di facoltosi nobili abitanti della città, nel 1568 comprò alcune abitazioni nella zona detta «lo Castiello», di proprietà di Nicola V. Renna e Aurelia Filotimo, e le destinò all'Ordine dei Carmelitani affinché, con opportune ristrutturazioni, fossero trasformate in convento di clausura.
L'atto di donazione delle proprietà venne stipulato dal notaio Giovanni Innocenzo Carusio il 17 agosto 1568 e stabiliva le modalità con le quali si doveva procedere alla costituzione e all'ordinamento del monastero. Con tale rogito, le cui parti interessate erano il primo cittadino in carica e fra' Giovambattista Cipriano (provinciale dell'Ordine carmelitano in Puglia), l'Università si riservava il diritto di eleggere in perpetuo due procuratori che, insieme con il priore del Convento di Sant'Angelo (appartenente all'Ordine maschile dei Carmelitani), dovevano presiedere all'amministrazione dei beni e gestione delle entrate del nuovo convento ed esprimere il proprio consenso per ogni nuova richiesta di vocazione monastica avanzata sia da cittadini che da forestieri.
Nell'atto di donazione, veniva inoltre sancito, che «ciascaduna monacha che entrarrà non possa intrarci senza dote conveniente per aumento di esso monasterio, quale dote sia da reconoscersi da esso reverendo provinciale et procuratori ut supra...».Da tale specifica si evince che la consistenza della dote era selezione naturale che permetteva accesso alla struttura solo a determinate fasce sociali, quelle più facoltose. L'Università nel 1571 fissò l'importo di accesso e permanenza in monastero in ducati 100 «per pannamenti ordinarij et sei ducati per cadauno anno durante la vita de la monaca ... per il vitto suo», inoltre fissava a 40 il numero massimo delle monache da ospitare nel convento.
L'Università di Putignano stanziò considerevoli somme di denaro per i lavori di edificazione e ampliamento del monastero, a testimonianza del forte interessamento della causa, a dimostrazione di ciò numerose sono le Conclusioni universitarie degli anni successivi. Tale interessamento sì perché le monache potessero «con più loro comodità attendere al culto divino...», ma anche perchè era risaputo, che la dote richiesta al momento della professione presso tutti gli ordini religiosi era sensibilmente più alta, se non doppia, per coloro che accedevano da fuori paese.
Il convento di S. Maria del Carmine di Putignano (detto anche convento grande), perchè di fondazione laica, fu posto sotto lo jus patronato dell'Università con apposito Breve Apostolico e il segno tangibile di questo potere era rappresentato dalla chiave di clausura posseduta dal sindaco quale garante di tutta la comunità putignanese. La chiave di clausura fu restituita all'autorità religiosa solo nel 1849, al termine di una lunga causa tra l'Università e il vescovo di Conversano. Ma di lì a pochi anni, con legge n. 3036 del 7-7-1866, il convento fu soppresso e devoluto al Comune che lo adibì ad uso di scuola elementare, attualmente ospita la
Biblioteca civica.