La chiesa è situata sull'asse viario che collega le due porte principali d'accesso al borgo antico. Le prime informazioni risalgono al 1365. L'edificio ha subito nel corso dei secoli molteplici trasformazioni tanto da stravolgerne l'aspetto originale: nel 1771, l'impianto viene trasformato a croce greca con cupola al centro, vengono sostituiti il tavolato e le travi del soffitto della navata centrale e soprattutto viene realizzata la facciata barocca, con alternanza di superfici concave e convesse, ancora oggi visibile.
Il campanile, del 1669, è stato ricostruito nel 1899. All'interno, l'edificio custodisce una pregevole icona bizantina, da cui la chiesa prende il nome e un prezioso reliquiario databile fra fine XII e prima metà del XIII secolo contenente un frammento della testa di Santo Stefano: le vicende riguardanti la sacra effige e il reliquiario appaiono poco chiare; tuttavia, la tradizione ritiene che i due manufatti siano stati trasferiti da Monopoli (l'icona presenta analogie con la Madonna della Madia conservata nella cattedrale monopolitana), continuamente minacciata dal pericolo delle scorrerie dei turchi.
La presenza della reliquia di Santo Stefano ha dato origine al culto del Santo Protomartire che, eletto protettore del paese nel 1646, è ancora oggi solennemente festeggiato il 3 agosto, unico giorno in cui il prezioso reliquiario viene portato in processione ed esposto al pubblico.
All'interno della chiesa, oltre all'altare marmoreo dove è collocata la statua di Santo Stefano, è possibile ammirare altri due altari riccamente decorati. Di grande interesse anche l'altare maggiore, in marmi policromi a intarsio, che si armonizza con il Cappellone superiore al quale si accede attraverso due scalinate. Nei depositi della chiesa da poco ritrovata una pregevole opera lignea. In un bassorilievo marmoreo, della metà circa del 1700, è raffigurata la Trinità, presente alla base di uno dei bellissimi altari settecenteschi di scuola napoletana.
Nell'ambito dell'iniziativa "adottiamo un opera d'arte" recupero e restauro di opere d'arte
Il Compianto di Santa Maria la Greca a Putignano
intervento descrittivo a cura del prof. Giacomo Lanzillotta
pensiero sulla Pietà a cura del Prof. Vito Intini
Questo progetto nato dall'idea di Gianni Musaio è racchiuso in uno spirito di squadra ed è il frutto della collaborazione di persone, semplici cittadini, che hanno a cuore il patrimonio storico, culturale, artistico, geografico, enogastronomico del centro storico di Putignano paese in cui vivono. Una condivisione con istituzioni, turisti, studenti di quanto di bello e unico ha da offrire il contesto accessibile da una delle tre porte.
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