Risale al 1358 la bolla con cui l'allora Papa Innocenzo VI, proclamò San Giovanni Battista patrono di Putignano su richiesta del Balì di santo Stefano di Monopoli, fra' Guerrino di Castelnuovo. Con tale richiesta si stabiliva l'appartenenza definitiva di Putignano all'ordine religioso e militare dei cavalieri di Rodi sancita quarant'anni prima con un'altra bolla dal papa Giovanni XXII, il 13 giugno 1317.

 

Per un ventennio Putignano era finita, infatti, sotto il dominio di uno spregiudicato e poco raccomandabile personaggio anche per quei tempi, Gualtieri VI conte di Brienne, Conversano, Lecce e titolare del ducato di Atene.

Come mai i cavalieri Ospitalieri a Putignano? I Mamelucchi, con la caduta di san Giovanni d'Acri il 28 maggio del 1291  avevano estromesso i cavalieri Ospitalieri, pertanto questi ultimi erano in cerca di una nuova sede da cui continuare la guerra agli infedeli.

Nel 1314 s'impossessarono del monastero di santo Stefano, approfittando delle discordie sorte tra i monaci benedettini. Un atto legittimato tre anni dopo da Papa Giovanni XXII. Approfittando delle lungaggini burocratiche per il passaggio di proprietà, Gualtieri VI, avido di proprietà e di ricchezze, grazie al fatto di essere imparentato con il re di Napoli, Roberto I, occupò Putignano e Locorotondo senza preoccuparsi delle proteste dell'ordine dei cavalieri di Rodi.

Gualtiero VI divenuto nel bene o nel male, famoso, diventa anche signore di Firenze e Niccolò Machiavelli lo ricorda così:

 

 

"Superbo nel rispondere.

voleva la servitù non la benevolenza degli uomini e per questo,

più di essere temuto che amato desiderava.

Né era da essere meno odiosa la sua presenza perché era piccolo, negro, aveva la barba lunga e rada,

tanto che da ogni parte di essere odiato merita".

 

Francesco Guicciardini cosi racconta, invece, la breve permanenza fiorentina:

 

"Fu fatto tiranno con il favore dei nobili

ma per la sua imprudenza e levità non si seppe mantenere

il che fu causa di farlo cadere presto".

 

A un certo punto Gualtieri avido di sopraffazione, rende permanente e visibile, il suo potere su Putignano ordinando la costruzione di una torre per il controllo di chi entra e chi esce dal paese. Realizzata dal 1346 al 1353, spendendo una fortuna (221 once d'argento, tutte reperite dalle entrate fiscali), ci mette dentro una guarnigione di otto balestrieri con un castellano. capitano Goffredo di Herve.

A Putignano, un borgo che a metà '300 non supera i 200 abitanti, arriva la peste che fa strage di vite umane, come nel resto d'Italia e d'Europa e ferma il saccheggio da parte degli ungheresi che nel 1348 avevano messo a ferro e fuoco tutta la provincia di Bari. C'è però una fiorente economia basata sulla pastorizia che produce pregiati latticini e formaggi. La torre, dunque, serviva per esigere dazi, gabelle e soprattutto imposte su pascolo e uliveti.

Il 13 settembre del 1356 Gualtieri VI muore nella battaglia di Poitiers, nella Guerra dei Cent'anni tra Francia e Inghilterra. Nel testamento impone (ma secondo altri sarebbe stato falsificato) agli eredi la restituzione dei beni ai legittimi proprietari. Nel 1358, i cavalieri di Rodi possono tornare in possesso di Putignano e, a scanso di equivoci per meglio sottolineare che sono loro i padroni, fanno riconoscere da papa Innocenzo VI san Giovanni come patrono di Putignano. Da quel momento Putignano da castrum diventa cittadina e conosce un rapido sviluppo tanto che in meno di un secolo raddoppia popolazione e dimensioni. Nel 1470 il balì Giambattista Carafa fa costruire una nuova e più estesa cinta di mura.