Federico II fu scomunicato e morì nel 1250. Dopo di lui suo Figlio Manfredi, seguendo quanto indicato dal padre nel testamento, restituì Putignano e i territori limitrofi all'Abate di Santo Stefano, non ci fu periodo peggiore di questo per il territorio e per i Putignanesi, infatti alla carestia si aggiunse anche la peste.
Nel 1317 Putignano e il monastero di Santo Stefano furono dichiarati Baliaggio e affidati ai Cavalieri di Malta investiti del titolo di Balì. I Cavalieri di Malta divenuti Balì erano detentori del potere spirituale e temporale. I Cavalieri di Malta erano frati soldati obbligati a curare i pellegrini infermi e a difendere con le armi la cristianità, dagli infedeli.