Dopo la prima metà del 1500, l'edificio venne ricostruito e ampliato in seguito ad un incendio che ne distrusse il soffitto e nel 1748 venne, invece, rifatta parte frontale della facciata esterna.
Gli stemmi sulla facciata della chiesa, risalenti al 1635, sono ben conservati, uno è lo stemma con le anime purganti e quindi è l'emblema del Pio Monte delle Anime del Purgatorio che in questa chiesa fu istituito da fra Marco Aurelio Salduerio, siciliano, Vicario generale del Balì di Santo Stefano verso il 1632 , al quale apparterrebbe uno degli altri stemmi.
Sulla parete laterale esterna si nota una piccola scultura in pietra, ricavata da un blocco unico probabilmente di una costruzione precedentemente lì edificata; è un bassorilievo a forma di edicola che rappresenta San Michele. L'edicola, sicuramente risalente a prima del XVI secolo, ha il lato superiore tondeggiante e al centro San Michele è raffigurato come un angelo con le ali spiegate, l’aureola rilevata, avvolto dalla clamide indossata dai viandanti e messaggeri. L’Arcangelo Michele è rappresentato nell'accezione più antica, quella che lo vede sorregere nella sua mano sinistra il globo segnato dalla croce che simboleggia il cielo, mentre nella mano destra regge il bastone, segno che lo identifica come messaggero di Dio. La simbologia relativa al culto di San Michele ha un significato molto forte ed è strano che il bassorilievo sia stato relegato ad una facciata laterale. E' probabile che l’edicola del san Michele si trovava sulla facciata principale e fu poi spostata lateralmente, nel 1625 a seguito del restauro posto in essere dal precedentemente nominato fra Marco Aurelio Salduerio.
A sinistra dell'altare maggiore, dal vano della sacrestia tramite una stretta e tortuosa scala si accede ad un piccolo coro ligneo del '700 delimitato da una decorata balaustra.
L'altare laterale di sinistra e' arricchito da una bella tela del Carelli, pittore di Martina Franca, raffigurante San Gaetano da Thiene; sul secondo altare di sinistra si può apprezzare una Santa Lucia, opera sempre del pittore bitontino Altobello.
A destra della navata, una tela che raffigura S. Andrea di Avellino in estasi del Carelli realizzato nel 1775 e una Madonna con bambino realizzato probabilmente da Altobello.
Infine, sulla destra al lato dell'altare maggiore, vi troviamo le immagini in cartapesta dei Santi Medici Cosma e Damiano a opera del maestro leccese Giuseppe Manzo (in foto) datato 1919 donato alla rettoria da un devoto putignanese.
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